增量型旋轉編碼器的輸出信號為方波信號，又可以分為帶換相信號的增量型旋轉編碼器和普通的增量型旋轉編碼器，普通的增量型旋轉編碼器具備兩相正交方波脈沖輸出信號A和B，以及零位信號Z；帶換相信號的增量型旋轉編碼器除具備A/B/Z輸出信號外，還具備互差120度的電子換相信號U/V/W，U/V/W各自的每轉周期數與電機轉子的磁極對數一致。
帶換相信號的增量型旋轉編碼器的U/V/W電子換相信號的相位與轉子磁極相位，或曰電角度相位之間的對齊方法如下：
1.用一個直流電源給電機的U/V繞組通以小于額定電流的直流電，U入，V出，將電機軸定向至一個平衡位置.
2.用示波器觀察編碼器的U相信號和Z信號.
3.調整編碼器轉軸與電機軸的相對位置.
4.一邊調整，一邊觀察編碼器U和Z相信號跳變沿，直到Z信號穩定在高電平上（在此默認Z信號的常態為低電平），鎖定編碼器與電機的相對位置關系。
5.來回扭轉電機軸，撒手后，若電機軸每次自由回復到平衡位置時，Z信號都能穩定在高電平上，則對齊有效。
撤掉直流電源后，驗證如下：
1.用示波器觀察編碼器的U相信號和電機的U/V線反電勢波形。
2.轉動電機軸，編碼器的U相信號上升沿與電機的U/V線反電勢波形由低到高的過零點重合，編碼器的Z信號也出現在這個過零點上。
上述驗證方法，也可以用作對齊方法。需要注意的是，此時增量型旋轉編碼器的U相信號的相位零點即與電機UV線反電勢的相位零點對齊，由于電機的U相反電勢，與UV線反電勢之間相差30度，因而這樣對齊后，增量型旋轉編碼器的U相信號的相位零點與電機U相反電勢的-30度相位點對齊，而電機電角度相位與U相反電勢波形的相位一致，所以此時增量型旋轉編碼器的U相信號的相位零點與電機電角度相位的-30度點對齊。
有些伺服企業習慣于將編碼器的U相信號零點與電機電角度的零點直接對齊，為達到此目的，可以：
1.用3個阻值相等的電阻接成星型，然后將星型連接的3個電阻分別接入電機的UVW三相繞組引線；
2.以示波器觀察電機U相輸入與星型電阻的中點，就可以近似得到電機的U相反電勢波形。
3.依據操作的方便程度，調整編碼器轉軸與電機軸的相對位置，或者編碼器外殼與電機外殼的相對位置。
4.一邊調整，一邊觀察編碼器的U相信號上升沿和電機U相反電勢波形由低到高的過零點，最終使上升沿和過零點重合，鎖定編碼器與電機的相對位置關系，完成對齊。
由于普通增量型旋轉編碼器不具備U/V/W相位信息，而Z信號也只能反映一圈內的一個點位，不具備直接的相位對齊潛力.