絕對值旋轉編碼器的相位對齊對于單圈和多圈而言，差別不大，其實都是在一圈內對齊編碼器的檢測相位與電機電角度的相位。早期的絕對值旋轉編碼器會以單獨的引腳給出單圈相位的最高位的電平，利用此電平的0和1的翻轉，也可以實現編碼器和電機的相位對齊，絕對值旋轉編碼器的調整方法如下：
1.用一個直流電源給電機的UV繞組通以小于額定電流的直流電，U入，V出，將電機軸定向至一個平衡位置；
2.用示波器觀察絕對編碼器的最高計數位電平信號；
3.調整編碼器轉軸與電機軸的相對位置；
4.一邊調整，一邊觀察最高計數位信號的跳變沿，直到跳變沿準確出現在電機軸的定向平衡位置處，
鎖定編碼器與電機的相對位置關系；
5.來回扭轉電機軸，撒手后，若電機軸每次自由回復到平衡位置時，跳變沿都能準確復現，則對齊有效。
這類絕對值旋轉編碼器目前已經被采用EnDAT，BiSS，Hiperface等串行協議，以及日系專用串行協議的新型絕對式旋轉編碼器廣泛取代，因而最高位信號就不符存在了，此時對齊編碼器和電機相位的方法也有所變化，其中一種非常實用的方法是利用編碼器內部的EEPROM，存儲編碼器隨機安裝在電機軸上后實測的相位，具體方法如下：
1.將編碼器隨機安裝在電機上，即固結編碼器轉軸與電機軸，以及編碼器外殼與電機外殼；
2.用一個直流電源給電機的UV繞組通以小于額定電流的直流電，U入，V出，將電機軸定向至一個平衡位置；
3.用伺服驅動器讀取絕對編碼器的單圈位置值，并存入編碼器內部記錄電機電角度初始相位的EEPROM中；
4.對齊過程結束。
由于此時電機軸已定向于電角度相位的-30度方向，因此存入的編碼器內部EEPROM中的位置檢測值就對應電機電角度的-30度相位。此后，驅動器將任意時刻的單圈位置檢測數據與這個存儲值做差，并根據電機極對數進行必要的換算，再加上-30度，就可以得到該時刻的電機電角度相位。
這種對齊方式需要編碼器和伺服驅動器的支持和配合方能實現，日系伺服的編碼器相位之所以不便于最終用戶直接調整的根本原因就在于不肯向用戶提供這種對齊方式的功能界面和操作方法。這種對齊方法的一大好處是，只需向電機繞組提供確定相序和方向的轉子定向電流，無需調整編碼器和電機軸之間的角度關系，因而編碼器可以以任意初始角度直接安裝在電機上，且無需精細，甚至簡單的調整過程，操作簡單，工藝性好。
如果絕對值旋轉編碼器既沒有可供使用的EEPROM，又沒有可供檢測的最高計數位引腳，則對齊方法會相對復雜。如果驅動器支持單圈絕對位置信息的讀出和顯示，則可以考慮：
1.用一個直流電源給電機的UV繞組通以小于額定電流的直流電，U入，V出，將電機軸定向至一個平衡位置；
2.利用伺服驅動器讀取并顯示絕對編碼器的單圈位置值；
3.調整編碼器轉軸與電機軸的相對位置；
4.經過上述調整，使顯示的單圈絕對位置值充分接近根據電機的極對數折算出來的電機-30度電角度所應對應的單圈絕對位置點，鎖定編碼器與電機的相對位置關系；
5.來回扭轉電機軸，撒手后，若電機軸每次自由回復到平衡位置時，上述折算位置點都能準確復現，則對齊有效。
如果用戶連絕對值信息都無法獲得，那么就只能借助原廠的專用工裝，一邊檢測絕對位置檢測值，一邊檢測電機電角度相位，利用工裝，調整編碼器和電機的相對角位置關系，將編碼器相位與電機電角度相位相互對齊，然后再鎖定。這樣一來，用戶就更加無從自行解決編碼器的相位對齊問題了。